猫屎咖啡原产于印度尼西亚，是由麝香猫在吃完咖啡果后把咖啡豆原封不动的排出，人们把它的粪便中的咖啡豆提取出来后进行加工而成。麝香猫在中南半岛、印度东北部、孟加拉、不丹、锡金、尼泊尔、克什米尔地区都有所分布，但能产出猫屎咖啡的只有苏门答腊麝香猫即印尼麝香猫。
咖啡豆在麝香猫胃里完成发酵后，破坏蛋白质，产生短肽和更多的自由氨基酸，降低了咖啡的苦涩味，使口感更加圆润；由于咖啡豆不能消化，麝香猫将其排泄出来，经过清洗、烘培后就成了麝香猫咖啡。咖啡豆在麝香猫的消化道内虽没被消化，但强腐蚀性的消化液已经腐蚀了它的表面，这些消化液里有一种特殊的蛋白酶，能打破咖啡豆原本的蛋白质链，将长链结构的蛋白质分解成小微粒，形成短链肽类，整个过程中还有一种副产品，即氨基酸。另外，麝香猫在排泄咖啡豆时，粪便会经过附近的生殖器官，咖啡豆因而沾了生殖器官分泌出来的麝香油，又会有种独特的麝香气味。
